遵义医科大学于1986年9月成立审计科，1994年升级为审计处。审计处以《中华人民共和国审计法》《审计准则》《内部审计条例》《审计人员职业道德规范》和相关审计法律法规为准绳，在学校党政的直接领导和上级部门的业务指导下独立开展审计工作。

审计处下设综合审计科和工程审计科两个科室，开展了基建工程审计、修缮工程审计、财务审计、科研经费审计、投资项目评估和专项审计工作，在促进学校建立健全内部控制制度，节约采购经费、办学经费、建设经费等方面发挥了重要作用。

随着高等教育的快速发展和先进审计技术和方法的实际运用，审计处将根据上级文件要求，结合学校实际情况，逐步开展经济效益审计、管理审计等审计业务，进一步发挥审计增值服务，当好校领导的参谋和助手，更好服务于学校的教育、科研事业。